|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Jaroš, Luboš ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Rozvoj moderní medicíny umožňuje studovat lidský genom a odhalovat predispozice pro odlišné nemoci. Jednou z takových technik je analýza lidského karyotypu, tedy souboru všech chromosomů. Nejdůležitějším krokem při analýze karyotypu je detekce chromosomů a jejich kategorizace. V práci jsem navrhl nový algoritmus pro detekci a kategorizaci chromosomů do sedmi skupin z mikroskopického snímku vzorku DNA. Implementace algoritmu byla provedena v prostředí Matlab. Pro ověření přesnosti segmentace a klasifikace chromosomů byl algoritmus testován na snímcích ze dvou databází (117 a 38 snímků). Sensitivita segmentace činí 88% a pozitivní prediktivní hodnota segmentace je 92%. Úspěšnost párování chromosomů je 77%.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Danielová, Tereza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na obrazovou analýzu mitotických chromosomů. Zabývá se návrhem celého procesu zpracování digitálních snímků – od předzpracování snímků, až ke klasifikaci jednotlivých chromosomů, včetně jeho testování na sadě obrázků. V teoretické části práce jsou popsány cytogenetické metody, které se používají pro vizualizaci chromosomů. Tato práce se v praktické části zabývá morfologickými operacemi a klasifikačními postupy. Klasifikace chromosomu byla do 5 skupin (A - G). Všechny algoritmy jsou realizovány v prostředí MATLAB.
|
|
|
Karyotypová diferenciace sekáčů z podřádu Laniatores z Jižní Afriky
Marešová, Alexandra ; Šťáhlavský, František (vedoucí práce) ; Symonová, Radka (oponent)
Dosavadní cytogenetické znalosti o podřádu Laniatores jsou známy pouze u 11 druhů Jižní a Severní Ameriky. Tato práce přináší první cytogenetické analýzy jihoafrických čeledí , které se řadí do tohoto nejpočetnějšího podřádu sekáčů analýze karyotypu byla zjištěna variabilita v diploidním počtu chromozomů, který je u čeledi 52 a u čeledi Triaenonychidae 2n = 28 64. Variabilita byla pozorována také morfologii chromozomů. U obou čeledí sice převládají dvouramenné chromozomy, jednotlivé druhy mají nicméně různé zastoupení jednotlivých morfologických typů. Kromě základních cytogenetických analýz byla provedena také analýza pomocí fluorescentní in situ hybridizace (FISH), která odhalila počtu i lokalizaci klastrů genu pro 18S rRNA Pomocí této metody byl také lokalizován telomerický motiv (TTAGG) , který byl u všech analyzovaných druhů u obou čeledí přítomný vždy pouze na koncích chromozomů. Klíčová slova káči, Laniatores, FISH, 18S r NA, karyotypová variabilita
|
|
|
Evolution of karyotypes and sex determination in the turtle family Geoemydidae
Clemente, Lorenzo ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Montiel Jimenez, Eugenia Elisabet (oponent) ; Castiglia, Riccardo (oponent)
(ČESKY) Většina studovaných želv vykazuje teplotní určení pohlaví, genotypové určení pohlaví (tj. přítomnost pohlavních chromozomů) bylo zjištěno u této skupiny relativně vzácně. Cílem této práce bylo prozkoumat a rozšířit naše znalosti o evoluci karyotypu a determinaci pohlaví u želv, zejména se zaměřením na čeleď Geoemydidae, čeleď želv s dříve doloženou variabilitou systémů určení pohlaví. Přítomnost pohlavních chromozomů byla zkoumána kombinací konvenčních a molekulárně- cytogenetických technik. Vedle analýzy karyotypu byla zkoumána distribuce konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování) a repetitivních elementů, pohlůavní rozdíly pak pomocí komparativní genomové hybridizace (FISH, CGH). Celkem bylo cytogeneticky vyšetřeno 49 druhů želv z devíti čeledí. U čeledi Geoemydidae byla zjištěna pozoruhodná podobnost karyotypů, které se skládají z 2n=52 chromozomů (což je předpokládaný ancestrální diploidní počet chromozomů pro všechny želvy) a podobné topologie lokusů rDNA a telomerních repetic. Sharma et al. (1975) popsali ZZ/ZW pohlavní chromozomy u druhu Pangshura smithii. V analýze předložené v této práci dokládáme potenciálně chybnou identifikaci těchto pohlavních chromozomů v důsledku chybného párování chromozomů při rekonstrukci karyotypu. Navíc heteromorfní pohlavní chromozomy nebyly...
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypů u gekonů (Squamata: Gekkota)
Koubová, Martina ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Gekkota je početná a velmi rozmanitá skupina šupinatých plazů (Reptilia: Squamata) s téměř globálním rozšířením. O fylogenezi skupiny byla stanovena řada hypotéz, tradičně založených na morfologických poznatcích. Klíčový přerod ve fylogenetických vztazích skupiny nastal s příchodem molekulárních analýz, jejichž výsledky se oproti tradičnímu pojetí výrazně liší, a to i postavením základních vnitřních linií. Tento fakt má klíčový význam pro studium karyotypové evoluce skupiny. Za ancestrální karyotyp je považován karyotyp 2n=38 se všemi chromozomy akrocentrickými. U některých druhů zůstal tento karyotyp zachován, u jiných je prokazatelný vliv chromozomových přestaveb, kterým dominují Robertsonovské fúze a pericentrické inverze. Diploidní počet chromozomů v sadě se pohybuje od 16 k 46, ale nejběžnější je karyotyp o 38 chromozomech, převážně akrocentrických, postupně klesajících ve velikosti. Zajímavou charakteristikou skupiny je nebývalá variabilita ve způsobech určování pohlaví. Najdeme zde druhy s teplotně určeným pohlavím i druhy s genotypicky určeným pohlavím, a to obou typů XX/XY a ZZ/ZW. Data o pohlavních chromozomech jsou dosud známá pouze u 17 druhů. Pohlavní chromozomy se velmi liší v morfologii a dosud nebyla prokázána jejich homologie u žádných sesterských druhů. Vše nasvědčuje tomu, že ke vzniku...
|
|
|
Molekulárně-cytogenetická analýza adaptivní radiace gekonů rodu Paroedura (Squamata:Gekkota)
Koubová, Martina ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Šťáhlavský, František (oponent)
Rod Paroedura tvoří 17 dosud popsaných druhů endemických na Madagaskaru a Komorských ostrovech, kde prodělali výraznou adaptivní radiaci. Rod je monofyletický a existuje pro něj dobře podpořená hypotéza o fylogenetických vztazích. Jednotlivé druhy se podstatně liší velikostí i tvarem těla a typem habitatu, některé druhy se vyskytují sympatricky. Rod Paroedura patří do cytogeneticky málo prozkoumané čeledi Gekkonidae, která vykazuje vysokou variabilitu ve způsobech určování pohlaví a na rozdíl od bazálních linií gekonů značnou variabilitu v počtu a morfologii chromozomů. Dosud byly publikovány karyotypy pouze dvou druhů rodu (P. picta, P. sp.). Cílem mé diplomové práce bylo popsat karyotypy obou pohlaví všech dostupných zástupců rodu pomocí klasických i molekulárně cytogenetických metod, provést fylogenetickou analýzu karyotypové evoluce a chromozomálních přestaveb v rámci rodu za účelem posouzení významu těchto přestaveb během adaptivní radiace, a snaha detekovat pohlavní chromozomy. Podařilo se mi získat karyotypy obou pohlaví u devíti druhů, zastupujících většinu hlavních fylogenetických linií rodu. Na základě výsledků můžeme rozdělit druhy do tří skupin podle diploidního počtu chromozomů a vzájemné podobnosti v morfologii makrochromozomů. U šesti druhů (P. masobe, P. karstophila, P. oviceps, P....
|
|
|
Srovnávací cytogenetika štěnice Cimex lectularius (Heteroptera: Cimicidae)
Sadílek, David ; Vilímová, Jitka (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent)
Srovnávací cytogenetika štěnice Cimex lectularius (Heteroptera: Cimicidae) Štěnice domácí, Cimex lectularius, se v posledních deseti letech začíná významně šířit ve všech vyspělých zemích mírného pásu, kde byla do poloviny sedmdesátých let téměř eradikována pomocí aplikace DDT. Tento temporální hematofágní ektoparazit se vyskytuje hlavně u netopýrů a synantropně v lidských obydlích. Zástupci C. lectularius se vyznačují pro druhy řádu Heteroptera běžnou, ale z pohledu ostatních organismů neobvyklou skladbou cytogenetických znaků jako jsou: Holokinetické chromosomy, achiasmatická meiosa, postredukční (invertovaná) meiosa pohlavních chromosomů a vnitrodruhová variabilita počtu pohlavních chromosomů X unikátního rozsahu. V předkládané práci byl revidován variabilní počet chromosomů štěnic ze 43 populací z České republiky a 27 sběrů z dalších evropských států. Za použití metodiky "hotplate spreading" a konvenčního barvení Giemsovým barvivem bylo celkem zjištěno 10 početních variant samčích karyotypů 2n = 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 37, 42 a 47 chromosomů a dva karyotypy samic s lichým počtem pohlavních chromosomů X 2n = 33 a 43. U všech studovaných samců byl prokázán stabilní počet 2n = 26 autosomů, ale počet gonosomů se pohyboval od základního stavu X1X2Y až k 20XY. Populace s pravděpodobně...
|
|
|
Heteroploidie v buňkách kostní dřeně u dětí s akutní lymfoblastickou leukemií (ALL)
Matějčková, Nicole ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Akutní lymfoblastická leukemie je nejčastějším nádorovým onemocněním u dětí. Jedná se o heterogenní onemocnění, u kterého byla popsána celá řada rekurentních chromosomových aberací. Mezi nejvýznamnější aberace spojené s dobrou prognózou patří translokace t(12;21)(p13;q22), při které vzniká fúzní gen ETV6/RUNX1 a tzv. hyperdiploidie. Naopak nejvýznamnější prognosticky nepříznivé nálezy jsou translokace t(9;22)(q34;q11) vedoucí ke vzniku fúzního genu BCR/ABL1, přestavby MLL genu a tzv. hypodiploidie. Tzv. heteroploidie, patří mezi nejčastější cytogenetické nálezy u dětských ALL. Charakteristickým rysem je nenáhodné zmnožení či ztráta chromozomů z diploidní sady. K nejvýznamnějším nálezům patří hyperdiploidie, při které dochází k nenáhodnému zmnožení některých chromozomů. Hyperdiploidie je spojena s velmi dobrou prognózou, vliv dalších strukturních aberací na prognózu je předmětem dalšího zkoumání. Další prognosticky významnou skupinou v rámci heteroploidií je hypodiploidie. Jedná se o poměrně vzácný nález, který je doprovázen obvykle velmi špatnou prognózou. U hypodiploidie dochází k nenáhodným ztrátám chromozomů. Hypodiploidie může být v některých případech maskovaná zdvojeným hyperdiploidním klonem, což ztěžuje její identifikaci. Přesná a včasná cytogenetická analýza heteroploidních buněk je velmi důležitá,...
|
|
|
Karyotypová diferenciace štírů rodu Euscorpius (Scorpiones: Euscorpiidae) v Evropě
Novotný, Tomáš ; Šťáhlavský, František (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent)
Předkládaná práce si dává za cíl předložit charakteristiku karyotypů štírů z rodu Euscorpius. Rod Euscorpius je typickým zástupcem štírů v Evropě. Jeho výskyt je široký téměř po celé jižní Evropě. Do dnešní doby se uvádí 18 druhů tohoto rodu. V této práci bylo karyologicky analyzováno šest druhů a u jednoho byl stanoven pouze základní diploidní počet chromozomů: E. carpathicus - 2n=90, E. concinnus - 2n=88, E. hadzii - 2n=68, E. sicanus - 2n=66, E. tergestinus - 2n=60, E. naupliensis - 2n=60, E.italicus - 2n=36. Popis karyotypů odhalil u všech studovaných druhů achiasmatickou meiozu a nebyly pozorovány žádné pohlavní chromozomy. Byly nastíněny základní fylogenetické vztahy a hypotézy karyotypové evoluce rodu Euscorpius. Byla zjištěná vysoká mezidruhová variabilita v počtu chromozomů a pomocí analýzy genu pro 16S rRNA potvrzeno taxonomické zařazení jednotlivých druhů. Zdá se tedy, že cytogenetické metody mohou přispět k pochopení druhové diverzity a rozlišení případných kryptických druhů v rámci rodu Euscorpius.
|
|
| |
host ::
RSS.